Als ik het eerste deel van een vlucht mis, wordt de volgende dan geannuleerd?

Ja, de meeste maatschappijen annuleren de segmenten die na het gemiste segment zouden plaatsvinden.

Toegevoegd na 7 minuten:
Misschien is het in dit geval wel te bespreken met de maatschappij; de regel is er voornamelijk om het volgende te voorkomen: stel de vlucht van Schiphol naar JFK kost 600 euro, maar de vlucht is normaal gesproken niet helemaal vol. Dan kan de maatschappij klanten aanboren door tickets aan te bieden voor een vlucht van Brussel naar JFK (via Schiphol) voor 500 euro. Je krijgt dan dus 2 extra vluchten (Brussel-Schiphol) erbij, voor minder geld ! Als je nu dus die vluchten vanaf Brussel boekt, dan kun je niet op Schiphol opstappen (dan had je maar de hogere prijs moeten betalen). In dit geval gaat het om twee relatief korte Europese vluchten, dus dat kan anders liggen.

Als je niet instapt op de geboekte luchthaven, wordt je als no-show aangemerkt en wordt je gehele reis geannuleerd. Je kan dan tegen het originele (volledige) tarief een nieuw ticket kopen....
Wenen-Hamburg-Amsterdam is niet zo'n gangbaar traject.
Echter bijv. KLM bied veel goedkopere tarieven aan als je in Dusseldorf, Antwerpen of Brussel opstapt. De reist dan vaak via Schiphol. Dit doen ze om meer Duitse en Belgische klanten te trekken. Daar bieden ze dus lagere tarieven voor aan (daarnaast vraagt Schiphol als luchthaven lagere tarieven aan KLM voor overstappers dan voor opstappers). Om misbruik te voorkomen zijn ze erg streng; je moet echt op de plaats van boeking inchecken en instappen.
(vanuit Antwerpen en Brussel ga je dan vaak met de trein -Thalys- naar Schiphol. Pas nadat je je treinkaart op het station (Antw/Bru) hebt afgehaald, wordt je vlucht vanaf Schiphol vrijgegeven. Er is dus controle....).

Ja, die word dan geannuleerd, maar dit is weer in in stijd met de europese wetgeving.
Echter wil je in de praktijk het risico niet nemen om te stranden. En daarnaeen heel traject af moet om verhaal te halen.

Toegevoegd na 7 minuten:
Het antwoord is niet zozeer over het missen van de 1 e vlucht, maar eigenlijk het overslaan van de 1e vlucht, ( dit kan trouwens ook een treinreis zijn !!)